Правильный ответ: 2) 1,3.
Разбор:
В предложении 'Рукопись (1) лежащую на столе (2) нужно было отдать на рецензирование' причастный оборот 'лежащую на столе' выделяется запятыми с обеих сторон, если стоит после определяемого слова, но в данном предложении определяемое слово 'рукопись' стоит перед причастным оборотом, значит, запятая нужна только в начале (1).
В предложении 'Лежавшую на столе (3) рукопись нужно было отдать на рецензирование' причастный оборот 'лежавшую на столе' стоит перед определяемым словом 'рукопись', а значит запятая не нужна нигде, только вначале предложения (3).
Следовательно, запятые нужны на месте 1 и 3.