6. The children (are/aren't) _____ in their classroom now, they _____ (are having/have) lunch.

aren't, are having. В первой части предложения используется отрицание в Present Continuous, так как они не в классе сейчас, а кушают. Во второй части так же Present Continuous, так как они обедают прямо сейчас. Выбираем 'aren't' и 'are having'.