Масса атома водорода практически равна массе протона, так как основную массу атома определяет ядро, а в атоме водорода ядро состоит только из одного протона. Электрон, который также входит в состав атома, имеет очень маленькую массу по сравнению с протоном, и его вклад в общую массу атома незначителен. Размеры атома водорода и протона значительно отличаются. Размер атома водорода определяется радиусом электронной орбитали, и он намного больше размера протона, который находится в его ядре.