Основным органом дыхания рептилий являются легкие. Они имеют ячеистое строение, что увеличивает площадь газообмена. У некоторых рептилий (например, у змей) одно из легких может быть редуцировано. У некоторых водных видов может присутствовать дополнительное кожное дыхание, но оно не играет существенной роли.