На мужских растениях кукушкиного льна развивается спорангий, на длинных ножках. В коробочках развиваются споры. В сухую погоду тонкая коробочка раскачивается от слабого дуновения ветра и высыпается на почву и прорастают, образуя протонему похожую на нитчатую водоросль. На ней формируются почки, из которых со временем вырастает взрослое растение мха.