На недавно покрашенном полу сложены были кучкой деревянные, просверлённые в трёх местах кружочки величиной с блюдце для варенья.

Грамматическая основа: "кучкой сложены были кружочки". Причастный оборот "просверлённые в трёх местах" отделяется запятой. Также уточнение "величиной с блюдце для варенья" выделяется запятой.