Можно ли по моделям атомов определить порядковые номера водорода, гелия и лития в таблице Д.И. Менделеева?

Да, можно. Порядковый номер элемента в таблице Менделеева равен числу протонов в ядре его атома. У водорода это 1, у гелия — 2, у лития — 3.