Универсальным средством борьбы стало применение массового террора. Противники применили очень схожие формы, средства и методы осуществления террора – массовые казни, концлагеря, пытки, взятие и расстрелы заложников. В собственных войсках применяли расстрел каждого десятого.
Обе стороны создавали репрессивно-террористические органы: красные – ВЧК, ревтрибуналы, а белые – контрразведку, военно-полевые суды.
Использование таких методов обусловлено тем, что большинство мужчин прошли через смерть и жестокость на войне, которая расшатала нравственные устои общества.
На территории Комуча появились карательные органы, которые истребляли большевиков и их поддерживающих.
На Урале, в Сибири, на Дальнем Востоке зверствовали войска казачьих атаманов Б. В. Анненкова, А. И. Дутова, Г. М. Семёнова, И. П. Калмыкова, И. Н. Красильникова.
В сентябре 1918 года при подавлении крестьянского восстания по приказу Анненкова замучили и убили до 500 человек. Была сожжена дотла деревня Чёрный Дол.
В 1919 году особым совещанием при А. И. Деникине была утверждён закон «в отношении участников установления в Российском государстве советской власти, а равно сознательно содействовавших её распространению и упрочению».
Согласно закону, все большевики и те, кто их поддерживали, приговаривались к смертной казни.
Официально красный террор был объявлен 5 сентября 1918 года.
30 августа 1918 года в Москве был тяжело ранен Ленин, в Петрограде убит председатель Петроградской ЧК М. С. Урицкий.
Одной из зловещих страниц красного террора стал расстрел царской семьи 16 июля 1918 года.